題目：The circular RNA circANK suppresses rice resistance to bacterial blight by inhibiting microRNA398b-mediated defense

期刊：The Plant Cell

影響因子：12

發(fā)表時間：2025.4.9

研究團隊：上海交通大學博士生劉曉慧為論文第一作者，朱勃長聘副教授為通訊作者。上海交通大學長聘教軌副教授徐正銀參與了論文的部分工作。該研究獲得國家自然科學基金、重慶自然科學基金和四川省科學技術廳等項目支持。

背景

環(huán)狀RNA（circRNA）在真核細胞中廣泛存在，并在基因表達調(diào)控和多種生物學過程中發(fā)揮重要作用。然而，circRNA的生物發(fā)生機制、表達調(diào)控模式及其在植物抗病性中的功能關聯(lián)尚不明確，成為該領域亟待解決的關鍵科學問題。由于缺乏能夠特異性敲低circRNA而不影響宿主基因表達的技術工具，植物circRNA的研究進展受到制約。

方法

本研究通過構建靶向Os-circANK反向剪接位點（BSJ）的CRISPR-CfxCas13d基因編輯系統(tǒng)，利用農(nóng)桿菌介導法轉(zhuǎn)化水稻獲得Os-circANK敲低株系（Os-circANKkd），同時通過反向互補輔助外顯子剪接策略構建過表達株系（Os-circANKoe）。采用RT-qPCR和數(shù)字PCR（ddPCR）驗證circRNA表達水平，結合RNase R消化實驗和熒光原位雜交（FISH）確認其環(huán)狀特性及亞細胞定位。通過雙熒光素酶報告系統(tǒng)、RNA免疫共沉淀（RIP）和pull-down實驗驗證Os-circANK與miR398b的互作關系。

結果

本研究成功開發(fā)了基于CRISPR-Cas13d系統(tǒng)的植物circRNA特異性敲低工具，并實現(xiàn)了水稻circRNA的靶向敲低。通過系統(tǒng)的生理生化實驗，我們發(fā)現(xiàn)水稻細胞中的circANK通過ceRNA機制，競爭性結合miR398b，從而緩解了miR398b對CSD1、CSD2、CCSD和SODX等基因的轉(zhuǎn)錄后抑制。這種分子間相互作用顯著降低了水稻在稻黃單胞菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Xoo）侵染后的活性氧水平，進而負向調(diào)控水稻對白葉枯病的抗性。這一重要發(fā)現(xiàn)不僅拓展了circRNA在植物免疫調(diào)控中的功能認知，也為作物抗病育種提供了潛在的分子靶點。

結論

該研究闡明了水稻環(huán)狀RNA（circular RNA, circRNA）通過競爭性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）分子機制調(diào)控水稻抗白葉枯病的分子通路，為植物circRNA在病原互作中的功能提供了直接證據(jù)。開發(fā)的CRISPR-Cas13d工具為植物circRNA功能研究提供了新方法。

參考文獻

Liu X, Wang P, Wang S, Liao W, Ouyang M, Lin S, Lin R, Sarris PF, Michalopoulou V, Feng X, Zhang Z, Xu Z, Chen G, Zhu B. The circular RNA circANK suppresses rice resistance to bacterial blight by inhibiting microRNA398b-mediated defense. Plant Cell. 2025 Apr 2;37(4):koaf082. doi: 10.1093/plcell/koaf082. PMID: 40261967; PMCID: PMC12013817.

沃森提供

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